新潟駅の高架化工事は、旧在来線ホーム4面7線のうち、まずは新幹線高架側の5?7番線を撤去、その跡に新たな高架橋を建設し、2018年度に新ホーム3面4線を供用開始することを第1期工事としている。その後、第2期工事として2021年度に残る1線を上げて3面5線化を達成する。

この3面5線は、当初計画では北側を単式ホームとし、南側の2面を島式とするものであった。しかし、「同一ホーム乗換事業」が組み込まれたことで配置が変更され、北側2面が島式ホーム、残る新幹線側の1面も在来線と新幹線で挟み込む島式ホームとされた。新幹線ホーム2面4線（11?14番線）のうち、11番線が線路両側にホームを備える形態となる。在来線についてのみ見れば、最も南側が単式ホームの形となり、当初計画を逆転させたことになる。このため特段に用地を追加取得する等のことはなく、よって都市計画変更も軽微として、簡単な手続きで済んだ。

検討段階では、新幹線ホームの中では使用頻度が少ない11番線を在来線用に転換する案などもあった。その場合、新設の在来線高架がスリム化し、生み出される土地の新たな活用が検討できるメリットが考えられた。しかし、新幹線総合システム（COSMOS）の改修費が大きい点や、新潟駅折り返し列車を車両基地（新潟新幹線車両センター）まで回送する頻度が上がり、回送ロスが増えるなどの課題が大きかったため、現在案に落着している。

越後線は仮線に移設

工事の手順はまず、既設ホームの一部使用停止に備えて1番線の東側に頭端式仮設ホーム8・9番線を新設し、2012年11月に6・7番線の使用停止と同時に供用を開始した。次いで2013年3月ダイヤ改正を機に5番線も使用停止、以来現在まで、在来線は既設の1?4番線と仮設ホームの8・9番線で営業している。新潟駅の東側で複々線を構成していた白新線と信越本線は、2011年10月から順次、仮線3線に移設して2013年9月に完了、上沼垂信号場の構内配線も一部変更された。西側の越後線は2014年11月に仮線に移設された。

そして、これらの線路やホームを撤去した用地において高架橋が建設され、現在は新潟駅部において高架ホーム3面4線と、駅の東西の高架線ではともに複線で軌道工事をほぼ終了、架線を張る段階に達している。なお、最も北側の新ホームは現状、島式でなく2番線のみの“半身”の状態で、仮設の壁面が設置されている。

越後線は、新潟?白山間に架かる信濃川橋梁の東（右岸）側まで複線化を行うとともに、白山駅は2013年9月に1線が増設された。この白山駅1線増設は、新潟駅高架化に伴い電留線が減少するための対策で、信越本線や白新線の一部列車について新潟駅を通り越して運転し、白山駅で折り返しを行うものである。

信濃川対岸の白山駅は新潟市役所が近いほか、大学・高校、病院等が集積しているため、高架新線の使用開始後は営業列車での直通運転も考えられる。信濃川右岸までの複線化も、増加する列車本数に対応するものとして計画された。

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